Biblioteke napisane u Nextflow u

rnaseq

Cjevovod analize sekvenciranja RNA koristeći STAR, RSEM, HISAT2 ili Salmon s brojem gena/izoforme i opsežnom kontrolom kvalitete.
  • 646
  • MIT

patterns

Odabrana zbirka uzoraka implementacije Nextflowa (autor nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Cjevovod analize za otkrivanje germinativne ili somatske varijante (pretprocesiranje, pozivanje varijante i označavanje) iz WGS-a / ciljanog sekvenciranja.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq vršno pozivanje, QC i cjevovod diferencijalne analize..
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq peak-call i QC analiza cjevovoda.
  • 142
  • MIT

mag

Sastavljanje i spajanje metagenoma.
  • 134
  • MIT

eager

Potpuno reproduktibilan i najsuvremeniji cjevovod za analizu drevne DNK.
  • 96
  • MIT

configs

Konfiguracijske datoteke koje se koriste za definiranje parametara specifičnih za računalna okruženja u različitim institucijama (od strane nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Dokaz koncepta RNAseq cjevovoda.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) najbolji tijek rada iz prakse za rijetke bolesti.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Precizno HLA tipkanje iz podataka sekvenciranja sljedeće generacije.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Dokaz koncepta RNA-Seq cjevovoda s Nextflowom.
  • 28

GATK

Germline varijanta poziva cjevovod Nextflow na temelju GATK4 najboljih praksi.
  • 11